Seiring meningkatnya kompleksitas perdagangan internasional, Direktorat Jenderal Bea dan Cukai (DJBC) memegang peranan penting dalam menjamin efektivitas pengawasan kepabeanan melalui mekanisme Post Clearance Audit (PCA). Namun, dalam beberapa tahun terakhir, DJBC menghadapi tantangan terkait peningkatan durasi penyelesaian audit dan penurunan audit coverage ratio. Salah satu inovasi yang diterapkan untuk mengatasi permasalahan tersebut adalah sistem E-Audit. Penelitian ini bertujuan untuk mengevaluasi efektivitas penerapan E-Audit di lingkungan Direktorat Audit Kepabeanan dan Cukai. Penelitian mengacu pada kerangka kerja STOPE (Strategy, Technology, Organization, People, Environment) dan metode Entrophy. Hasil kajian yang dilakukan terhadap 89 responden dan 4 narasumber wawancara menunjukkan bahwa meskipun E-Audit berkontribusi positif terhadap efisiensi dan akurasi audit, masih terdapat hambatan signifikan seperti kesiapan infrastruktur TIK, keterampilan auditor, dan interoperabilitas data. Temuan ini mengindikasikan bahwa keberhasilan implementasi E-Audit tidak hanya ditentukan oleh aspek teknologi, tetapi juga oleh dukungan organisasi, kejelasan tujuan, dan keterlibatan seluruh pemangku kepentingan. Evaluasi komprehensif ini diharapkan dapat menjadi dasar perumusan strategi penguatan sistem audit digital dalam rangka meningkatkan transparansi dan akuntabilitas pengawasan kepabeanan di Indonesia.